Введение и основы криоэлектронной микроскопии (Часть 1 из 6)

Это видео — первое из шести записей, посвященных обработке данных криоэлектронной микроскопии отдельных частиц в CryoSPARC, сделанных на семинаре по обработке изображений криоэлектронной микроскопии отдельных частиц, организованном Центром криоэлектронной микроскопии Стэнфорд-SLAC (S2C2) в 2024 году. Оригинальные записи предоставлены S2C2. Субтитры были автоматически сгенерированы Zoom и могут содержать ошибки. Семинар: https://s2c2.slac.stanford.edu/training/workshops-lectures/workshop-lecture-archive S2C2: https://s2c2.slac.stanford.edu/training-program-overview В этом вводном видео (Часть 1) команда CryoSPARC рассматривает фундаментальные концепты криоэлектронной микроскопии, включая основы сбора данных с помощью электронного микроскопа, дефокусировку и функцию передачи контраста (CTF), коррекцию движения, выделение и извлечение отдельных частиц, алгоритм максимизации ожидания и классификацию частиц в 2D и 3D. Обязательно посмотрите объяснение того, что такое вопрос для обсуждения в парах («Think-Pair») на 4:45 — они встречаются на протяжении всего остального видео! В первом разделе, «Сбор и предварительная обработка данных», мы рассматриваем, что происходит с образцом для криоэлектронной микроскопии, когда он находится в микроскопе, и как это влияет на полученные изображения. Мы также рассмотрим основы коррекции аберраций изображения в криоэлектронной микроскопии. Далее мы обсудим, как отдельные частицы выбираются и извлекаются из изображений. Если вас когда-либо интересовало, как выбрать размер ячейки или что такое разрешение Найквиста, этот раздел для вас! Затем мы перейдем к обсуждению 2D-классификации. В этом разделе мы также рассмотрим алгоритм максимизации ожидания. Если это ваше первое знакомство с криоэлектронной микроскопией, или если вас всегда интересовало, как на самом деле вычисляются высококачественные 3D-карты из очень зашумленных изображений, здесь вы найдете эту информацию. Мы также настоятельно рекомендуем всем пользователям посмотреть раздел, посвященный концепции эталона и положения, начиная с 40:23. Это критически важные концепции, используемые в большинстве алгоритмов для анализа отдельных частиц в криоэлектронной микроскопии. Наконец, мы кратко затронем 3D-методы, прежде чем перейти к обсуждению валидации. Разделы: 00:00 Введение и формат семинара 10:21 Сбор и предварительная обработка данных 19:01 Вопросы и ответы: Сбор и предварительная обработка данных 33:03 Выбор кластеров и извлечение частиц 40:23 2D-классификация 55:24 Методы обработки 3D-частиц 1:00:41 Вопросы и ответы: Выбор кластеров и обработка частиц 1:12:42 Валидация 1:27:21 Симметрия 1:30:25 Заключительные вопросы и ответы Больше обучающих материалов и видеороликов доступно в руководстве CryoSPARC: https://guide.criosparc.com/.