Первая игра серии. Игрок принимает роль сталкера по кличке Меченый, который страдает амнезией и у которого в его КПК есть одно задание — убить другого сталкера по кличке Стрелок. Сражаясь с врагами и помогая другим сталкерам, протагонист находит улики к разгадке тайны своего прошлого и истинной личности. У «S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля» есть 7 концовок. Они зависят от разных факторов: заработанных денег, поддержки определённых фракций, восстановления памяти героя.