Сиквел второй части серии, развивающий все ту же сюжетную линию игры. В отличие от второй части игры, был сделан на новом оптимизированном движке, что позволило ему избежать участи Metal Slug 2, часто подтормаживающей в активных сценах с большим количеством спрайтов на экране. Тем не менее это самостоятельная новая часть серии, вводящая некоторые новые находки разработчиков.