3000 лет назад империя ехидн во главе с Пачакамаком желала получить Изумруды Хаоса и Мастер Изумруд, которые обладают таинственной энергией. Дочь Пачакамака Тикал вместе с существами чао охраняла святыню. Она пыталась объяснить отцу, что нападение на храм, убийство чао и получение изумрудов не приведёт к миру. Однако отец проигнорировал слова дочери, и его подданные разграбили святыню. Но из Мастера Изумруда вышло существо по имени Хаос и уничтожило цивилизацию ехидн. Тикал выжила и навечно запечатала себя и Хаоса в Мастер Изумруд. События игры разворачиваются во время, когда Мастер Изумруд, расположенный на плавучем острове Ангелов, охраняет ехидна Наклз. Через некоторое время доктор Эггман разрушает Мастер Изумруд и освобождает Хаоса. Остров Ангелов погружается в море, а осколки Мастера Изумруда и Изумруды Хаоса разбрасывает в разные стороны. На Вокзальной площади монстр Хаос сталкивается с ежом Соником, где тот за короткое время побеждает его в бою. Наклз тем временем начинает поиск осколков Мастера Изумруда. На следующий день Соник спасает лисёнка Тейлза, который потерпел крушение во время испытания нового самолёта с Изумрудом Хаоса]. После спасения оба героя отправляются в мастерскую Тейлза, которая находится в Мистических руинах, но по пути их обнаруживают доктор Эггман и Хаос. Эггман забирает у Тейлза изумруд и отдаёт его Хаосу. Он заявляет, что Хаос будет становиться сильнее с каждым поглощённым изумрудом и в конечном итоге станет непобедимым и сможет уничтожить Вокзальную площадь[26]. На развалинах города Эггман хочет построить Роботниклэнд и стать его главой[26]. Соник и Тейлз отправляются на поиски остальных изумрудов, чтобы предотвратить планы доктора, но в итоге они теряют все собранные Изумруды Хаоса[27]. Сам Эггман создаёт свою летающую крепость Эгг Авианосец, которую на самолёте «Торнадо» преследуют Соник и Тейлз[28]. Эггман в своей крепости приказывает всем своим роботам из серии E, в том числе E-102 Гамме, найти лягушонка Фрогги, съевшего Изумруд Хаоса[29]. Гамма находит Фрогги, которого преследует его лучший друг кот Биг[30]. Между тем, Тейлз находит другой изумруд и использует его для создания самолёта «Торнадо 2». Соника в это время встречает Эми Роуз, которая просит ежа защитить птичку Флики[31]. Один из роботов Эггмана, Зеро, намерен получить птицу и начинает охоту за Эми. Вскоре Зеро захватывает Эми и Флики[32], а затем прибывает на Эгг Авианосец[33]. Соник и Тейлз на самолёте жёстко приземляются на авианосец Эггмана[34]. Наклз также видит в принявшем первоначальную форму Мастере Изумруде изображение Эгг Авианосца. На борту авианосца доктор Эггман приказывает Гамме забрать у Эми птицу. Но перед этим Гамма входит в другую комнату и становится свидетелем того, как перестраивают е