В этой игре мы будем играть за Дюка Нюкема, пришельцы снова захватили город, и решили поиграть в тайм лайн, но в этот раз они изменили всю историю. Но Дюка не так просто одурачить, и он вновь решает выбить клыки своим врагам, что бы те знали что это черевато большими последствиями для них.