Посланные правительством спецподразделения HECU проводят масштабную операцию 《зачистки》, которая предполагает уничтожение пришельцев в Чёрной Мезе, а также 《устранение》 любых свидетелей -- то есть, всего персонала научного центра. Адриан Шепард, персонаж игрока, является участником этой операции.