Ratchet & Clank: Rift Apart рассказывает историю заглавных героев, которые путешествуют по разным мирам в нескольких реальностях, чтобы остановить своего врага, доктора Нефариуса, который воспользовался внезапным катастрофическим коллапсом измерений, чтобы окончательно осуществить свою мечту — полностью уничтожить органическую жизнь во вселенной.