Действие происходит за пять лет до начала событий Half-Life 2. Аликс Вэнс, находясь в своей конспиративной квартире, наблюдает за тем, как её отец Илай и члены Сопротивления выполняют миссию по краже реактора у Альянса. Илай, связавшись с Аликс, сообщает, что миссия проходит успешно и добавляет, что он заметил странное строение в карантинной зоне.