Аниме является ремейком сериала «Космический крейсер Ямато», а именно третьей главы - «Ямато навсегда», выпущенный в 1980 году. Краткий сюжет: В 2207 году нашей эры, через два года после уничтожения родной планеты Гармиллана и планеты Искандар, в Солнечной системе внезапно появляется таинственный гигантский объект, называемый Гранд Реверс. Отважная борьба Сил обороны Земли результатов не принесла. «Гранд Реверс» легко прорвался сквозь многочисленные эшелоны обороны землян и спокойно завис над новой столицей Земли. Без единого звука высадились полчища парашютистов с их танками-многоножками, и в мгновение ока столица была взята. В этот момент именно бывшему экипажу крейсера Ямато отдается совершенно секретный приказ собраться вновь и решить судьбу человечества. Итак, космический крейсер «Ямато» начинает свое путешествие в неизведанный пространственно-временной континуум.