Машинариум — город, в котором не место неисправным роботам, поэтому Йозефа выкидывают на свалку, откуда он должен выбраться и вернуться в город, чтобы тайком выкрасть Берту. Весь клан Черных Шляп — это своего рода террористическая группировка, захватившая город и губернатора. Главный герой должен не просто спасти город, но и выкрасть Берту, Губернатора, расправиться с управлением Черных Шляп, поставить на кон всё существование мрачного и темного Машинариума.