Действие игры происходит через год после событий игры Shinobi для консоли PlayStation 2. После того, как Хоцума победил злейшего демона, Токио начинает восстанавливаться после битвы. Чтобы окончательно расправится с участниками компании «Накатоми», правительство Японии обращается к женщине-ниндзя Хибане. Кроме того, Хибана собирается восстановить меч Акудзики Плейлист Nightshade: http://www.youtube.com/playlist?list=PLQ6L-Ee5ECFWrqhJNTAifyGTs7ocLVfOP