Принц Персии в попытке изменить свою судьбу отправляется на Остров Времени, где когда-то давно Императрица Времени создала Пески Времени и Кинжал Времени, откуда они позже были украдены тем самым индийским Махараджей, на дворец которого армия принца вместе с его отцом напали в первой части игры.