Комикс Injustice 2 рассказывает о двух годах, которые прошли между первой и второй частями игры. Здесь мы узнаем, как герои пришли к тому, что было во второй части, и как им удалось восстановить мир после свержения Супермена, как режим повлиял на весь мир и как всё будет без него.