Действия The Callisto Protocol разворачиваются в далёком будущем, в 2320 году. Пилоты грузового космического корабля Джейкоб Ли и Макс Бэрроу выполняют рейс между спутниками Юпитера Европой и Каллисто по контракту Объединённой Юпитерианской Компании (ОЮК, англ. UJC) с неизвестным и чрезвычайно хрупким грузом на борту.