Лара продолжает свой поход за ларцом. Выбравшись из горного храма, она находит место, именуемое «глазом змея», и спускается в подводную пещеру, находящуюся под ним. Через джунгли этого небольшого острова Лара приходит в Сенот, в глубине которого располагается храм. Внутри помимо мёртвых бойцов «Тринити» она сталкивается с жуткими существами, прячущимися во мгле. Они нападают на Лару, и ей с трудом удаётся отбиться. Спустя некоторое время Лара добирается до огромных ворот. Чтобы открыть их, приходится разгадать две головоломки, связанных с водяными колёсами. Жуткие существа пытаются ей помешать, поэтому приходится отбиваться и всё время смотреть в оба. К счастью, Лара успевает пройти через открывшиеся ворота до того, как её атакуют существа под предводительством своей «королевы». Лара приходит в святилище, где должен находиться серебрянный ларец Иш-Чель, но его там нет. Внезапно начинается землетрясение. Лара бежит, уклоняясь от атакующих со всех сторон существ. Лишь чудом она выбирается из Сенота и, проплыв под водой, оказывается поблизости от тайного города. Теперь предстоит встретиться с союзниками и решить, что делать дальше.